Moord en doodslag, chantage, verdwijningen en drugszaken vormen in het pittoreske Maastricht het decor van Flikken Maastricht.

Het verhaal speelt zich af in de fictieve Noord-Hollandse badplaats Boedzand. Het is 28 april. De familie Aslan is druk bezig met de voorbereidingen van een groot feest in het Lido, het strandpaviljoen dat zij exploiteren. Vader Osman viert zijn 50e verjaardag. Tijdens het feest 's avonds verdwijnt dochter Yasmin. De verdwijning van Yasmin en de vraag waar ze is en wat er met haar is gebeurd, vormt de rode draad door de serie heen. Het dorp Boedzand staat compleet op z'n kop: allerlei mensen worden verdacht ermee te maken te hebben, relaties staan op het spel en de diepste geheimen van de personages komen vroeg of laat boven water. Wat is er met Yasmin gebeurd?

Een verdachte man wordt neergeschoten voor de ogen van de politiemensen die hem wilden arresteren. Zijn laatste woord: Scylla? Het is de naam van een machtig misdaadsyndicaat, dat zich bezighoudt met vrouwenhandel, kunstdiefstal, drugs en babysmokkel. Hoofdinspecteur Ruard Talsma en Officier van Justitie Adrienne Rieding geven samen leiding aan Unit 13, het speciale rechercheteam dat is gevormd om Scylla op te rollen. Het team, variërend van undercover agenten tot computeranalisten, gebruikt alle mogelijke en soms onorthodoxe middelen om vat te krijgen op Scylla. De criminele organisatie krijgt echter lucht van de activiteiten van Unit 13 en deinst er niet voor terug de leden van het team persoonlijk te intimideren. Vooral Adriënne Rieding moet het ontgelden als haar man Paul levensgevaarlijk gewond raakt bij een aanslag die eigenlijk op haar gericht was? En hoe komt Scylla aan informatie die alleen binnen het team bekend is?