In Amphibia volgen we de komische avonturen van de 13-jarige Anne Boonchuy. Nadat ze een mysterieuze muziekdoos heeft gestolen, wordt Anne op magische wijze geteleporteerd naar Amphibia, een wild moerasland vol met pratende kikkers. Met de hulp van een jonge enthousiaste kikker genaamd Sprig transformeert Anne van een dorpsmonster naar een heldin. Ondertussen groeit haar band met Sprig uit tot een ware vriendschap.