Twee shinobi-clans, Koga en Iga, leven totaal geïsoleerd ten opzichte van de rest van de wereld. Hoewel er geen contact is met de buitenwereld, hebben ze zichzelf zeer goed ontwikkeld. Omdat er nu vrede heerst is de shogun niet zo blij met de shinobi. en probeert hij ze tegen elkaar uit te spelen. Dat is niet zo moeilijk, omdat er tussen de twee shinobi-clans toch al veel wantrouwen bestaat. Om de situatie extra lastig te maken zijn Gennosuke van Koga en Oboro van Iga nog verliefd op elkaar geworden ook...

Bij een wetenschappelijke verkenning op zoek naar een nieuwe energiebron komt een groep krachtige demonen vrij die menselijke lichamen beginnen te bezitten en de beschaving te vernietigen. Goede vrienden Akira en Ryo komen aan verschillende kanten van deze epische strijd terecht. Akira's innerlijke kracht stelt hem in staat zijn identiteit te behouden en voor het goede te vechten, maar de zwakkere Ryo wordt volledig ingehaald door Satan zelf.