Terwijl Commander Cobra en Serpentor elkaar de schuld geven van het voortdurende falen van de organisatie, infiltreert Pythona, een vrouw van de geheime beschaving Cobra-La, in de Terror Drome. Onthuld aan Serpentor, informeert ze hem dat Cobra-La de persoon was die verantwoordelijk was voor het inspireren van Dr. Mindbender om Serpentor te creëren. Op zijn aandringen besluit Serpentor G.I. Joe's nieuwste wapen, de Broadcast Energy Transmitter (BET), te stelen.

Zoals veel jonge mannen in de Dominicaanse Republiek droomt de 19-jarige Miguel 'Sugar' Santos ervan een plek te winnen in een Amerikaans honkbalteam. Zijn talenten als werper leveren hem uiteindelijk een plek op in een single-A-team in Iowa, maar cultuurshock, racisme en andere curveballs dreigen Sugar's droom zuur te maken.

Een jonge jongen besluit het op te nemen tegen een buitenaardse invasie en de wereld te redden. Dan wordt hij een superheld om de wereld te beschermen.