1969, Mozambique, de Koloniale Oorlog. In het kamp van het Portugese leger wordt een kapitein verliefd op een van zijn soldaten. Op kerstavond staat echter plotseling zijn vrouw voor zijn neus. Tevens de avond dat het kamp aangevallen wordt door de guerrillastrijders.

De leraar Raimund Gregorius (Jeremy Irons) treft op de Kirchenfeldbrücke in Bern een mysterieuze Portugese vrouw. Via haar leert hij het fascinerende boek van Arztes Amadeu de Prado kennen, waarna hij spontaan besluit een avontuurlijke reis naar Lissabon te maken. Op zijn zoektocht naar de auteur van het boek belandt hij in een web vol politieke en emotionele intriges.

De negentiende eeuw. De film gaat over een aantal personen die op de één of andere manier allemaal aan het lot van Pedro da Silva, een wees die naar een kostschool gaat, gelinkt zijn. Er is Pater Dinis, die een afstammeling van de aristocratische libertijnen is en later een held wordt die vecht voor gerechtigheid, een gravin, die gek wordt van haar eigen jaloezie en op wraak uit is, en een welgestelde zakenman die stiekem zijn hele vermogen verdiend heeft als een bloeddorstige piraat.

In 1917, buiten de parochie van Fátima, Portugal, zijn een 10-jarig meisje en haar twee jongere neefjes getuige van meerdere bezoeken van de Maagd Maria, die hen vertelt dat alleen gebed en lijden een einde kunnen maken aan de Eerste Wereldoorlog. regeringsfunctionarissen en kerkleiders proberen de kinderen te dwingen hun verhaal te herroepen, het nieuws over de waarneming verspreidt zich over het land en inspireert religieuze pelgrims om massaal naar de plek te komen in de hoop getuige te zijn van een wonder.