Middelbare scholier Takeru werkt parttime als motorkoerier. Tijdens een van zijn leveringen ziet hij een mysterieus licht langs hem heen gaan en in een bos vallen. hij zag een meisje dat uit een gloeiende cocon kwam en zichzelf 'Hikari' noemde. Er verschijnt plotseling een vreemd monster dat hen aanvalt, maar Takeru ontdekt al snel dat hij kan transformeren in een krachtige superheld.

Gokudo is een avonturier in hart en nieren, zijn enige doel is om al het geld en de knappe meiden van de wereld te krijgen. Nadat een oude heks in een plaatselijke bar hem heeft verteld dat een boze koning hem kwaad wil doen, wordt hij onbewust op een hilarisch avontuur gezet vol met een geslachtsveranderende geest, een demonenprins en talloze zwaard zwaaiende vijanden. Later ontdekken Gokudo en zijn vrienden de echte reden voor deze gebeurtenissen .

Mahoro, een gevechtsandroïde, besluit met pensioen te gaan na een oorlog tegen buitenaardse indringers op aarde. Gezien zijn heldendaden in oorlogstijd besluiten Mahoro's superieuren hem de keuze te geven tussen blijven dienen of ontwapend worden en als burger leven. Omdat Mahoro echter een androïde is, is haar levensduur beperkt: ongeveer dertig dagen als ze blijft, of een jaar als ze zich laat ontwapenen. Ze besluit dan haar dagen als burger te beëindigen, als bediende voor een jonge wees, niet zo buitenlands als hij denkt voor de organisatie waartoe Mahoro behoort...

Nadat Maebara Keiichi naar het rustige stadje Hinamizawa is verhuisd, brengt hij zijn dagen zalig door op school en speelt hij vaak spelletjes met zijn plaatselijke vrienden. Schijn bedriegt echter. Op een noodlottige dag stuit Keiichi op nieuws over een moord in Hinamizawa. Vanaf dit punt ontvouwen zich gruwelijke gebeurtenissen voor Keiichi, terwijl hij er al snel achter komt dat zijn goede vrienden misschien niet alles zijn wat ze lijken. Gebaseerd op het amateur-mysteriespel van 07th Expansion, wordt het verhaal verteld in een reeks verschillende scenario's.

Een droom van uit de lucht vallen... en dan geboorte. Rakka wordt vanuit een grote cocon in het Oude Huis geboren, begroet door een groep vrouwtjes met kleine vleugels op hun rug en glanzende halo's boven hun hoofd. Al snel groeien Rakka's eigen vleugels, wordt er een halo op haar hoofd geplaatst en krijgt ze te horen dat ze in het nabijgelegen stadje Grie moet werken. Ze realiseert zich al snel dat de stad en de hele wereld waarin ze leven zich opsluiten achter de Muur, een hoge, ondoordringbare muur die niemand behalve de mysterieuze Toga mag verlaten.