In het jaar 1982 strandt een buitenaards ruimteschip boven Johannesburg in Zuid-Afrika. De aliens worden ondergebracht in een vluchtelingenkamp, District 9, dat al snel in een getto verandert. Twintig jaar later wordt door het particuliere bedrijf Multi-National-United (MNU) een plan opgesteld om de ‘garnalen’, zoals ze denigrerend worden genoemd, naar buiten de stad te herplaatsen.

Een meedogenloze vrouwelijke rechercheur onderzoekt bijzondere misdaden. Ze vormt een onwaarschijnlijke band met een seriemoordenaar. Zij vinden elkaar in een gemeenschappelijk doel: ze willen beiden een wereldwijd syndicaat van kindersmokkel oprollen. Al vlug beseft ze echter dat ze in een gevaarlijke situatie belandt.

Mason Pollard is gespecialiseerd in het wissen van mensen - hij zet de dood van belangrijke getuigen in scène. Voor hem is het een normale dag wanneer hij wordt toegewezen aan Rina Kimura, de vrouw van een misdaadbaas die besloten heeft om cruciaal bewijsmateriaal in te dienen. Ze vluchten naar Kaapstad in Zuid-Afrika met een team van meedogenloze huurmoordenaars op hun spoor. Als Pollard erachter komt dat hij door zijn eigen mensen erin geluisd is, besluit hij terug te vechten. Bedrogen en vol adrenaline moet Pollard op zijn best zijn, anders zal hij degene zijn die voorgoed gewist wordt.