In 2199, vijf jaar na de Gamilons hun invasie van de aarde begonnen, is de planeet verwoest door de bommen van deze buitenaardse wezens. De overlevende mensen zijn ondergronds gegaan om aan het bestraalde aardoppervlak te ontsnappen. Op een dag ontdekt voormalig piloot Susumu Kodai een capsule, gestuurd van de planeet Iscandar, dat vertelt over een apparaat dat de straling van de aarde kan verwijderen.