Negi Springfield, een 10-jarige goochelaar die rechtstreeks uit Groot-Brittannië komt, wordt in de positie van leraar Engels geplaatst in een klas van 31 jongedames. Na vele avonturen met zijn jonge studenten en gekroond door de triomf van goed tegen kwaad (bekijk de serie of lees de manga), staat Negi voor een nieuwe uitdaging. De jongedames zullen de volgende dag afstuderen en hij moet één en slechts één partner kiezen om Magi Magister te worden. Zijn keuze zal tot gevolg hebben dat het bestaan ​​van magie en de magische wereld volledig uit de herinneringen van de 29 overgebleven studenten wordt gewist. Dit lokt een reeks pogingen van deze jongedames uit om Negi's hart te veroveren en zo zijn partner te blijven. Diezelfde avond worden Negi en zijn studenten geconfronteerd met een nieuw gevaar dat beide werelden bedreigt!