Mini-serie gebaseerd op de originele Battlestar Gallactica serie. Ook dit keer is een 'Rag-tag fugitive fleet' op de vlucht door de ruimte. Als de Cylons na een afwezigheid van 40 jaar terugkeren om de mens uit te roeien besluit de als enige overgebleven Battleship, de 'Galactica', na de destructie van de twaalf koloniën, op zoek te gaan naar de verloren gewaande dertiende kolonie bekend als de Aarde.

Mac Taylor staat aan het hoofd van het New Yorkse CSI-team. De forensische onderzoekers laten in de Amerikaanse metropool geen enkele moordzaak onopgelost.

Battlestar Galactica volgt de zoektocht van het gelijknamige schip naar een onbekende verafgelegen planeet genaamd Aarde. Aan boord bevinden zich de laatste menselijke overlevenden van een oorlog tegen de gevaarlijke Cylons, kunstmatige levensvormen. De mensen maakten tot voor kort deel uit van de machtige 12 Koloniën, een grote en welvarende samenleving die verspreid lag over 12 planeten. De Kolonialen wilden graag vrede sluiten met de Cylons, maar de vijand had andere plannen: met de hulp van een menselijke verrader lukte het ze om met een grootscheepse aanval alle 12 Koloniën te vernietigen en het merdendeel van het menselijke ras uit te roeien. Een kleine groep mensen en civiele ruimteschepen wist deze holocaust door toeval te overleven. Ze groepeerden zich rond het enigste overgebleven oorlogsschip: de Battlestar Galactica. Zonder thuiswereld en opgejaagd door de Cylons, besluit de vloot gezamelijk op zoek te gaan naar de mythische 13e Kolonie genaamd Aarde, waar men, behalve een veilige thuishaven, ook steun hoopt te vinden in het gevecht tegen de Cylons. Niemand weet echter waar de Aarde zich bevindt en het is nog maar de vraag of deze planeet niet slechts een mythe is.