Negen jaar geleden brachten de Amerikaan Jesse en de Franse Celine een perfecte dag met elkaar door in Wenen. Nu, 9 jaar later, komen ze elkaar voor het eerst sindsdien weer tegen. Jesse is in Parijs om zijn boek over de gebeurtenissen van die dag te promoten. In de kleine anderhalf uur die de twee hebben voor Jesse naar het vliegveld moet praten de twee bij over wat er sindsdien in hun leven is gebeurd. Al snel blijkt hoe groot de impact van hun vorige ontmoeting het afgelopen decennium op hun leven is geweest.

Centraal in Saint Omer staat Rama, een journaliste die aan een boek werkt over Medea en binnenkort moeder wordt. Haar research brengt haar naar Saint Omer, waar ze het proces bijwoont van Laurence Coly: een jonge vrouw uit Senegal die in Frankrijk filosofie studeert en zwanger wordt van een oudere Fransman. Ze houdt de zwangerschap en de geboorte verborgen, en laat de baby bewust achter op het strand om meegenomen te worden door de vloed. Tijdens haar proces beweert ze dat ze behekst en vervloekt was. De haast onvatbare daad van de vrouw roept allerlei ongrijpbare geesten uit Rama's eigen verleden op. Vragen rond oorsprong en opvoeding, en of ze zelf geliefd en gewenst was door haar moeder.