FBI is een serie over de interne werking van het New Yorkse kantoor van de FBI, waarbij alle vaardigheden, intellect en de meest geavanceerde technologie van het Bureau worden gebruikt om New York en het land veilig te houden. Dit wordt onder anderen gedaan door speciaal agent Maggie Bell, een veteraan van het kantoor in Manhattan, en haar partner Omar Adom "OA" Zidan, die pas in dienst is en uit Queens, New York, komt. Hij werkte voorheen undercover voor de drugsafdeling. Assistent-speciaal agent Jubal Valentine leidt de onderzoeken vanuit het hightech kantoor in Manhattan, samen met analist Kristen Chazal.

In het strafrechtsysteem worden seksuele delicten als bijzonder gruwelijk beschouwd. In New York City zijn de toegewijde rechercheurs die deze wrede misdrijven onderzoeken, lid van een elite-eenheid die bekend staat als de Special Victims Unit. Dit zijn hun verhalen.