In het verloren heilige land van Milos zijn de Elric broertjes op zoek naar de waarheid achter een onbekende vorm van alchemie. Welke geheimen liggen verborgen in Milos? Raadsels moeten worden opgelost en gevaren moeten worden getrotseerd voordat de waarheid te vinden zal zijn.

Wanneer Ash en zijn vrienden reizen naar Crown City voor de wereldbeker Pokemon Baccer ontdekken ze dat er vreemde dingen gebeuren in Crown City. Het lijken wel geheimzinnige krachten. Als de drie legendarische Pokemon Raikou, Entei en Suicune plotseling verschijnen in Crown City en de hele stad op zijn kop zetten, proberen Ash en zijn vrienden samen met Zorua, het geheim ontrafelen achter de gedrag van Raikou, Entei en Suicune. Ook Celebi is weer van de partij, Celebi heeft zich al twintig jaar niet in Crown City vertoond en nu is tie er. Team Rocket is ook bezig met hun smede plannetjes en ook in de pokemon film van Zoroark is er een derde slechterik partij, genaamd Grings Kodai. Kodai ziet Zoroark, de evolutie van Zorua als een legendarische pokemon met magische transform krachten. Lukt het Ash en zijn vrienden om de problemen in Crown city op te lossen? Dat zie je in deze Pokemon film Pokemon Zoroark: Meester der Illusies!

Charmanders stem roept vanuit de duisternis of het goed gaat met Squirtle. De slapende jongen wordt wakker en kan zichzelf niet geloven als hij een pratende Charmander ziet. Charmander wijst er vervolgens op dat hij ook een Pokémon is. De jongen kijkt naar zijn spiegelbeeld bij een rivier naast hem en ziet dat het waar is! Hij is in een Squirtle veranderd en kan zich helemaal niet herinneren hoe dit was gebeurd.

Wanneer Ash en zijn vrienden besluiten deel te nemen aan een toernooi in Eindoak Town, maken ze kennis met de Mythische Pokémon Victini, die al snel een vriend van hen wordt. Maar het noodlot slaat toe wanneer de zwerver Damon besluit om Victini weg te kapen voor zijn eigen, ondoordachte plannen! Kan Ash zijn heldenmoed bewijzen en de hulp van de Legendarische Reshiram - of Zekrom - inroepen om Victini te bevrijden en Eindoak Town te redden?

Ash en zijn vrienden Iris en Cilan komen aan in Eindoak, waar ze mee willen doen aan de jaarlijkse gevechtscompetitie. Het lukt Ash om te winnen dankzij de hulp van de mythische Pokémon Victini. Maar dan probeert Damon, afstammeling van het Volk van de Vallei, Victini in de val te lokken en zijn kracht te gebruiken. Door dit plan krijgt Eindoak te maken met een ramp.

Wanneer Ash, Pikachu en hun vrienden een woestijnstad aan de zee bezoeken ontmoeten ze de mythische Pokémon Hoopa, die het vermogen heeft om dingen (inclusief mensen en Pokémon) via haar magische ring op te roepen.

Ash, Pikachu en vrienden schieten te hulp wanneer vijf Genesect Pokémon aankomen in de stad en ruzie krijgen met de legendarische Pokémon Mewtwo.

Ash heeft al veel gezien en meegemaakt op het gebied van Pokémon, maar is hij ook klaar voor het nieuwste en geweldige avontuur van de mysterieuze Darkrai? Terwijl onze avontuurlijke vrienden op weg zijn naar een Pokémon wedstrijd, komen ze door het stadje Alamos, waar de Tijd-Ruimte-Toren staat. Samen met de mooie Alice ontdekken Ash en zijn vrienden, dat iets voor vreselijke nachtmerries zorgt bij Pokémon en mensen.

De nieuwe vijanden, Nahane en Ohanefu, verschijnen samen met de mysterieuze nieuwe gigantische monsterlijke wezens vanuit de ruimte om de aarde over te nemen! De sleutel tot deze evenementen is Shinkalion ALFA-X, dat in het geheim werd ontwikkeld door het Ultra Evolution Institute...!? Voor Hayato en Team Shinkalion, die in vrede leefden, begint de strijd opnieuw.

Pokémon de Film: Ik Kies Jou! vertelt het verhaal van Ash & Pikachu, hun eerste ontmoeting en de avonturen die ze meemaken tijdens hun zoektocht naar de legendarische Ho-Oh.