Twintig jaar na de gebeurtenissen van Iron Sky, is de voormalige nazibasis op de maan een laatste toevluchtsoord geworden voor de mensheid. De aarde is verwoest door een nucleaire oorlog maar diep onder de woestenij ligt een macht die de mensheid kan redden, of voor eens en voor altijd kan vernietigen.

Terwijl hij zijn zoon ophaalt van de universiteit, bevindt agent van de geheime dienst Vic Davies zich midden in een terroristische operatie met hoge inzet en moet hij nu al zijn vaardigheden gebruiken tegen de gewapende factie.