Neem de personages uit een aantal op sciencefiction gebaseerde animes, een podium dat lijkt op 'Wacky Races', super vervormde waanzin en algemene waanzin, en wat je krijgt is Scramble Wars. Hoewel Scramble Wars personages bevat uit de originele Bubblegum Crisis, Gall Force en Genesis Survivor Gaiarth, bevat het ook een paar andere personages uit andere animes zoals AD Police en Riding Bean.

De mensheid leeft al enkele honderden jaren ondergronds. In één van de ondergrondse steden wonen twee jonge mannen: Simon, die verlegen en naïef is, en Kamina, die gelooft dat er leven bestaat in de wereld boven hen. Op een dag stort de grot waarin ze leven in, en een gigantische 'Gunmen' en de mooie Yoko verschijnen. Simon vindt in het puin de mecha 'Lagann', samen met Kamina en Yoko besluit hij de mecha te besturen om bovengronds te gaan. De bovengrondse wereld is echter niet het droomland wat Kamira voor ogen had; deze wereld wordt beheerst door de Spiral King en zijn leger. Kamira en Simon, samen met hun nieuwe kameraden, besluiten het op te nemen tegen de Spiral King voor een betere toekomst bovengronds.

Twee jonge aspirant-avonturiers, Sindbad en Ali, vinden een oude zeeman die aangespoeld is op de kust. Met zijn laatste adem vertelt de zeeman hen een verhaal over een verborgen schat en overhandigt hij de kaart die hij tijdens zijn beproevingen heeft vastgehouden. En dus gaan de twee zogenaamde helden op avontuur. Maar de weg naar rijkdom is geplaveid met ontberingen: hun reizen leiden van het verstoppen op een schip naar de kerkers van de sultan, om vervolgens te ontsnappen met de dochter van de sultan op sleeptouw!

Het enige dat Laia Einburg wil voor haar golem makende vader Galia en haar even ambitieuze broer Huey is het beëindigen van een langlopende vete. Maar haar wereld staat op zijn kop als de kleine Lina Inverse en de over bedeelde Naga de Slang Laia redden van een razende golem. Een dankbare, maar verliefde Galia vraagt ​​Lina om model te staan ​​voor zijn werk. Om niet achter te blijven, doet Huey een soortgelijk verzoek aan Naga. Het resultaat zijn torenhoge, op afstand bestuurbare golems naar het beeld van onze favoriete tovenaressen! Huey heeft alle verhoudingen goed, maar Galia's smaak is gewoon raar. Om het nog erger te maken, verandert Galia Lina in een magisch batterijpakket! Officieel gaven de Lords Haizen en Granion deze golems de opdracht voor een wedstrijd om de heerser van de stad Stoner te bepalen. Maar de heren zijn in het geheim van plan de golems te gebruiken als prototypes voor een veroveringsleger! Kunnen Lina en Naga de stad redden van tirannie?