De briljante wetenschapper Sōzō Haran deed onderzoek op Mars toen hij de Meganoids creëerde, een nieuwe vorm van cyborgleven die in staat is tot metacognitie. Plots verloor Dr. Haran de controle over zijn creatie toen de Meganoids hem en zijn hele familie afslachtten, behalve zijn jongste zoon, de 16-jarige Banjō Haran. Banjō ontsnapte van Mars op een raket met Daitarn 3, een superrobot op zonne-energie. Nu 18 jaar oud en levend op aarde, vecht Banjō tegen de Meganoids en hun leider, Don Zauser. Banjō moet bondgenoten verzamelen om hem te helpen de Meganoid-dreiging te stoppen, die ernaar streeft alle mensen in cyborgs te veranderen en het menselijk ras te 'verbeteren'.