Net als in het vorige avontuur heeft de jonge ninja Azumi de taak om een burgeroorlog te voorkomen in het haast verscheurde land. De voornaamste tegenstander van Azumi is de ambtenaar Masayuki Sanada die een ninja moordcommando runt.

Na de mysterieuze Kamen Rider Dark Ghost te hebben achtervolgd, die plotseling was verschenen, komt Takeru Tenkuji aan in een vreemd dorp vol historische figuren. In een poging om 100 Eyecons te verzamelen, wil Alains overleden broer Argos – Kamen Rider Dark Ghost – de Ultimate Eyecon creëren en iedereen op aarde in geesten veranderen. Ondertussen wordt Makoto's vader Daigo Fukami gezien in het dorp. Is Daigo, transformerend in Kamen Rider Zero Spectre, een bondgenoot of een vijand?

Koji, een jazzmuzikant, neemt een rookpauze tussen twee sets in een nachtclub in Tokio. Tijdens deze pauze is hij getuige van een moord en komt hij Linda tegen, die achterna wordt gezeten door de moordenaars.

Nu Kai verslagen is, hervatten Ryotaro en de rest van de DenLiner-crew hun tijdreisavonturen door een detectivebureau op te richten om alle andere overlevende Imagin onder controle te houden. Maar wanneer een bedrieglijke Imagin de reserve Den-O Pass van de eigenaar steelt, is het aan de DenLiner-politie en de beginnende detective Kazuya, samen met een beetje hulp van een andere Rider, om de kwaadaardige Imagin te stoppen en het verleden, het heden en de toekomst te redden!

Japan in de 19e eeuw. Zatoichi is een blinde zwerver die leeft van het gokken en het geven van massages. Maar deze onopvallende man is eveneens een meester in het zwaardvechten. Zatoichi is bliksemsnel en uiterst doelgericht.