Ryota steelt een boot om op zoek te gaan naar zijn vermiste broer. Tijdens de zeereis wordt het schip aangevallen door een verschrikkelijk gigantisch wezen, Ebirah. Nadat hij op het eiland Letchi is geland, ontdekt hij dat Mothra, een ander monster, hem misschien kan stoppen. In werkelijkheid heeft Mothra versterking nodig en Ryota zal er alles aan doen om Godzilla wakker te maken...

Aliens hebben alle monsters van het beruchte Monster Island vrijgelaten en maken van hun uitzonderlijke krachten gebruik om alle grote wereldsteden te vernietigen. Alleen het super-geheime ruimteschip X2 kan de aliens vernietigen en Godzilla, Rodan, Mothra, Angilas en Minya weer gevangen nemen.