Riku Tachibana is opgevoed door zijn grootvader. Om de een of andere reden is de oude man altijd dol geweest op vreemde handgebaren, en die zijn overgegaan op Riku, die ze bijna onbewust uitvoert, tot groot vermaak van zijn klasgenoten. Op een dag wordt het Riku echter plotseling duidelijk wat zijn grootvader hem heimelijk heeft geleerd. En de leringen kunnen voor Riku het verschil betekenen tussen leven en dood.

Na een grote oorlog waarin bijna alle mana was uitgeput, is de wereld leeg gezogen. De planten verkommeren, de grond is niet meer zo vruchtbaar als voorheen en de dorpen moeten opnieuw worden opgebouwd. De bevolking leidt een zeer arm leven. Om de godin Martel, die zich in de hemel terugtrok, wakker te maken en de oorlog van de mensen te vergeten, moet de uitverkorene op de 'reis van wereldvernieuwing' gaan. Colette is die uitverkorene. Op een dag verschijnt het orakel aan haar in de vorm van een engel, wat het begin van een nieuw tijdperk inluidt. Ze zou naar de Toren van Verlossing reizen om de trap naar de hemel te beklimmen. Onderweg moet ze vier zegels verbreken, aan elke zegel moet ze slagen voor een examen. Als het haar lukt, zal de mana van haar wereld worden hersteld.

Subaru is een jong meisje dat ontdekt dat haar beste vriendin Aoi deel uitmaakt van een magische groep die motorfragmenten probeert te verzamelen, zodat een klein wezen uit de Pleiaden naar zijn huis kan terugkeren. Subaru overweegt zich bij hen aan te sluiten, aangezien ze werd gekozen door de Pleiadian, voorzitter van deze naschoolse club.