Het verhaal speelt zich af in Ponyland. Er komen problemen als de boze heks Hydia en haar twee dochters, Draggle en Reeka, besluiten om Ponyland onder water te laten lopen. De pony's vluchten, maar Lickety-Split zit vast in de grot van de Grundles, maar de koning van dit volk is niet kwaadaardig en hij helpt de pony om te ontsnappen. Met advies van Moochick en de hulp van de Bushwoolies proberen de pony's Ponyland van de ondergang te redden.

Elroy Jetson vindt een tijdmachine uit die hem meeneemt naar de prehistorie, waar hij de familie Flintstone ontmoet.