Megatron neemt drastische maatregelen om de Decepticons te redden. Ondertussen vechten de Autobots op de planeet en aan boord van de Ark om heel Cybertron te redden.

Na het ondersteunen van Vincent via de rechtenstudie, is de zomer verwoest wanneer hij haar verlaat voor een rijke vrouw. Als vergelding trouwt ze met een vreemde die miljardair CEO Christian Norton blijkt te zijn.

In Los Angeles trekt de misdaad aan en wordt het Speciale Projecten team ingezet om de misdrijven te bestrijden en hiertegen op te treden. Hiervoor gaan de diverse speciaal agenten undercover, nemen een valse identiteit aan en zetten daarbij hun leven dagelijks op het spel, in de strijd tegen de criminaliteit.

Agent Phil Coulson keert terug naar de wereldwijde rechtshandhavingsorganisatie S.H.I.E.L.D. Hij zet een klein, zeer goed opgeleid team van agenten in voor zaken die nog niet geclassificeerd zijn: het nieuwe, het vreemde en het onbekende. Dat team bestaat uit Grant Ward, een expert in het gevecht en spionage, piloot en martial artist Melinda May, en de geweldige, maar ook sociaal onhandige wetenschappers Leo Fitz en Jemma Simmons. Ze zullen worden vergezeld door de nieuwe rekruut en computerhacker Skye.

Het stel Bryan en David uit Los Angeles heeft een succesvolle carrière en een liefdevolle relatie en is klaar voor een baby. Net als ze zich zorgen beginnen te maken dat ze nooit gezegend zullen worden met het ouderschap, ontmoeten ze Goldie, een serveerster die net met haar vroegrijpe achtjarige dochter naar Californië is verhuisd om te ontsnappen aan haar bekrompen grootmoeder en een leven zonder toekomst. . De jongens sluiten snel een deal met Goldie om hun surrogaat te worden, en daarbij vormt de kleine groep een unieke eigen familie-eenheid.

Criminal Minds lost problemen op rond het land. Dit team van elite FBI profilers analyse de meeste verdraaide criminale gedachten. Ze anticiperen hier op en reageren voor de volgende aanval is gebeurt. David Rossi (Joe Mantegna) komt terug van zijn pension om de Behavioral Analysis Unit terug te helpen. Deze unit geleidt bij Aaron Hotchner (Thomas Gibson) een familie man die capabele is om zijn mensen vertrouwen te winnen en het verkrijgen van al een geheimen. Ook in het team zitten Emily Prentiss (Paget Brewster) zij is de dochter van een ambassadrice en een verrassende toevoeging aan het team; Derek Morgan (Shemar Moore) een expert in dwangmatig crimineel gedrag; Dr. Spencer Reid (Matthew Gray Gubler) een klassiek voorbeeld van onbegrepen genie zijn sociaal IQ is zo laag als zijn intelligentie IQ hoog is. Ook is er Jennifer 'JJ' Jareau (A.J. Cook) een zelfverzekerde jonge agent, haar taak binnen het team is het uitzoeken van de zaken waar het team heen gaat zij verzorgt ook het contact met de verschillende bureaus. Dan is er nog Penelope Garcia (Kirsten Vangsness) zij helpt het team als geluid en beeld technicus. Elk team lid brengt zijn eigen expertise mee om de criminelen boven tafel te krijgen. Ze hebben allemaal hun eigen (emotionele) motivatie om de criminele tot een stop te brengen.