De show volgt de reis van een tijdreiziger, Cole, vanuit een postapocalyptische toekomst. Cole arriveert in de huidige tijd via een gevaarlijke en ongeteste manier van tijdreizen, met de missie om de bron van een dodelijke plaag uit te roeien dat uiteindelijk 93.6% van de mensheid zal doen inkrimpen.

FBI-agent Audrey Parker wordt naar de fictieve stad 'Haven' in Maine gestuurd om een moordzaak op te lossen. Daar krijgt ze te maken met de door de plaatselijke bewoners genoemde troubles, allerhande bovennatuurlijke verschijnselen die plaatsvinden in de stad. Gaandeweg ontdekt Parker de geheimen achter de verschijnselen evenals haar eigen betrokkenheid in haar verleden met de stad. Daarbij wordt ze geholpen door plaatselijk politieagent Nathan Wuornos en smokkelaar Duke Crocker.