Het liefdesverhaal over de Engelse jongen Jude die naar de Verenigde Staten komt en verliefd wordt op het Amerikaanse meisje Lucy gedurende de jaren '60. Dit alles tegen de achtergrond van de groeiende problemen tussen de V.S. en Vietnam.

De 15-jarige Sherry is van huis weggelopen. In Berlijn ontmoet ze Spark, een groepering die dakloze jongeren rekruteert en hen helpt van de drugs af te raken. Het is een hechte groep en van de leden wordt doorzettingsvermogen en betrokkenheid verwacht. Ellen laat zich bij gebrek aan mogelijkheden meeslepen, vooral omdat ze gecharmeerd is door één van de aanvoerders. Het internationale clubje belandt in Spanje, waar de moeder van Ellen haar dochter komt oppikken. Onder de indruk van Sparks doelstellingen, besluit ze zich ook bij de kliek aan te sluiten, al is de manier van werken nogal onorthodox. Maar Ellen begint net te beseffen dat de leider Harry een nogal manipulatieve en achterbakse man is.

Om zijn collegegeld te betalen, gaat de verlegen maar briljante Ben Campbell samen met een selecte groep topstudenten elk weekend naar Las Vegas. Het doel: hun kennis gebruiken om de uitkomsten van blackjack naar hun hand te zetten. Onder leiding van de onorthodoxe wiskundeprofessor en statistiekgenie Micky Rosa, kraken ze de code en verslaan ze de casino's keer op keer.

Catherine van Aragon slaagt er niet in om haar echtgenoot Henry Tudor, koning Henry VIII van Engeland, een mannelijke erfgenaam te schenken. Thomas Howard, hertog van Norfolk, en zijn zwager Thomas Boleyn, graaf van Wiltshire, zien het falen van de koningin als een grote kans om de familie Boleyn naar de hogere klasse te trouwen en zodoende meer aanzien te verschaffen.

Soren is een jonge uil, in de ban van zijn vaders grootse verhalen over de ‘Bewaarders van Ga'Hoole’, een mythische groep van gevleugelde helden die in een grote veldslag hebben gestreden om alle uilen te redden van de kwaadaardige 'Volmaakte Strijders'. Terwijl Soren ervan droomt zich ooit bij zijn helden te voegen, spot zijn oudere broer Kludd met dit idee. Kludd doet er alles aan om meer aandacht en liefde van hun vader te krijgen dan zijn jongere broer.

Max Brogan (Harrison Ford), werkzaam bij de Immigratiepolitie in L..A., hanteert met gemengde gevoelens de regelgeving tegenover de duizenden immigranten die hem passeren. Via zijn ogen, maar ook door die van zijn collega Hamid Baraheri, immigratieconsultant Denise (Ashley Judd), en haar man Cole (Ray Liotta) die voor de beoordelingscommissie werkt, is te zien hoe talloze mensen van verschillende nationaliteiten trachten de grens van L.A. over te steken, in de hoop daar een beter leven te vinden. Door de verhalen van deze mensen wordt pijnlijk duidelijk wat het verschil is tussen de Amerikaanse Droom en de harde realiteit die de vele immigranten in het L.A. van de 21e eeuw aantreffen.

Het verhaal volgt Jamie, een onrustige jongeman met een moedervlek op zijn gezicht, waardoor hij zich geïsoleerd en angstig voelt en zich verstopt voor de buitenwereld. Hij woont in East End van Londen, een gebied dat berucht is om zijn gewelddadige bendes met kap. Volgens nieuwsberichten dragen de bendes nu demonenmaskers. Maar op een avond ontdekt Jamie de angstaanjagende waarheid.

Eind jaren 80: De Britse politie rekruteert de 22-jarige Martin McGartland uit West Belfast om de IRA te bespioneren. Hij weet een plek binnen de terreurgroep te bemachtigen door zich aan te melden als vrijwilliger. Intussen speelt hij belangrijke informatie door aan de politie waardoor hij vele levens redt.

Een aantal gevangenen weet tijdens de Tweede Wereldoorlog te ontsnappen uit een strafkamp in Siberië en begint aan een lange tocht naar de vrijheid. Deze tocht vol ontberingen voert hen van het koude Siberië via de Gobiwoestijn naar de Himalaya en India en zal zo'n 6400 kilometer bedragen.

15 juli 1988. Na één dag samen te hebben doorgebracht, ontstaat er tussen de tegenpolen Emma Morley en Dexter Mayhew een vriendschap voor het leven. Twee decennia lang kijken we op 15 juli hoe het met Em en Dex gaat en hoe hun levens met elkaar verwikkeld zijn. Hun relatie verschuift in de loop der jaren, totdat ze zich op een bepaald punt in hun leven realiseren dat hetgeen waar ze naar zoeken en op hopen, dichterbij is dan ze al die tijd hebben gedacht.

Cloud Atlas vertelt zes verhalen die zich in een verschillende tijd en op verschillende plaatsen afspelen en onlosmakelijk met elkaar verbonden zijn. Het eerste verhaal speelt zich rond 1850 af, terwijl het laatste verhaal zich honderden jaren in de toekomst afspeelt. Het is een episch verhaal van menselijkheid waarin de acties en de gevolgen van onze levens impact hebben op een ander door middel van het verleden, het heden en de toekomst wanneer één ziel omgevormd wordt van een moordenaar tot een verlosser en één enkele daad van vriendelijkheid ervoor zorgt dat eeuwen later een revolutie ontketend wordt.

Adam (Jim Sturgess) is een op het eerste gezicht doodgewone man, maar er is meer met hem aan de hand. Adam verlangt namelijk nog altijd naar zijn geliefde Eve (Kirsten Dunst), die hij kent uit een andere tijd en andere wereld. Hij heeft zich bijna neergelegd bij het feit dat hij haar nooit meer zal zien, wanneer hij haar op televisie ziet. Hij begint zijn onconventionele zoektocht.

Virgil Oldman is een excentrieke expert in de kunst, bekend en gewaardeerd over de hele wereld. Zijn leven heeft nog weinig te maken met liefde en gevoelens voor een mysterieuze vrouw, die hem uitnodigt langs te komen in een villa voor het beoordelen van een kunstwerk.

Frank Barron, een voormalige harde man, is nauwelijks herkenbaar nu hij lijdt aan de ziekte van Alzheimer, maar wanneer zijn vervreemde zoon Jamie hem in het ziekenhuis bezoekt, realiseert hij zich de extra stress die Frank ondervindt en besluit hij hem te bevrijden in de hoop hem terug te brengen naar zijn familie . Terwijl de twee door het land reizen en gaandeweg een band beginnen te krijgen, blijkt al snel dat zowel Frank als Jamie op gespannen voet staan ​​met hun verleden.

De helderziende femme fatale Nicola Six leeft met een voorgevoel dat ze binnen afzienbare tijd om het leven zal komen door moord. Ze begint een ingewikkelde liefdesrelatie met drie verschillende mannen.

Edward Newgate wil klinische ervaring opdoen bij een psychiatrische instelling, en komt terecht bij het Stonehearst Insane Asylum. Al snel blijkt dat niet alles is wat het lijkt, en hij raakt verwikkeld in een web van intriges. Lukt het hem om de waarheid naar boven te halen?

Wanneer de klimaatverandering het voortbestaan van de aarde bedreigt, verenigen regeringen wereldwijd zich in de creatie van de Dutch Boy Program. Dit programma beslaat een mondiaal netwerk van satellieten, gewapend met technologieën om natuurrampen af te wenden.

In 1983 besluiten vier vrienden, wat later blijkt, de grootste misdaad van de eeuw te plegen. Cor van Hout, de raadselachtige leider en strateeg van de bende van vier, leidt een gedurfd plan om Freddy Heineken, erfgenaam en de drijvende kracht achter het Heineken imperium, te ontvoeren.

Leraar klassieke talen moet gedwongen met pensioen. Gehaat door zijn studenten (bijnaam: Hitler) en collega's. Zijn vrouw minacht en bedriegt hem. Hij kijkt terug op zijn leven en begint menselijker te worden.

De jonge Savannah Knoop doet zich gedurende zes jaar voor als de befaamde auteur JT LeRoy. Dit is de verzonnen persona van haar schoonzus Laura Albert. Wanneer JT LeRoy de Franse actrice Eva ontmoet, gaan ze naar Parijs, waar Eva gevoelens begint te krijgen voor LeRoy.

Het schooljaar is bijna voorbij voor vijf 16-jarige jongens uit Manchester. Gary 'Tits' Titchfield, Darren 'Dodge' Howard, Chris 'Zippy' Weeks, 'Little' Gaz Duffy en 'Penfold' Andrew Peach vormen de band Shadowcaster. Ze zijn grote fans van de Stone Roses. Wanneer de Britse band op 27 mei 1990 een optreden geeft in Widnes op Spike Island zal niets de jongens tegenhouden om hun helden op het podium te zien. Dit is het verhaal van hun reis en de 72 uur waarin hun vriendschappen op de proef worden gesteld.

De film volgt diverse personen in hun zoektocht naar liefde, tolerantie en verlossing in Berlijn. Zo is er Jane. Wanneer zij het jongetje Nizar vindt is ze vastbesloten hem te helpen, maar haar moeder Margaret loopt niet meteen warm voor dat idee.