FBI: Most Wanted richt zich op de Fugitive Task Force, die meedogenloos de beruchte criminelen op de Most Wanted-lijst van het Bureau opspoort en oppakt. De doorgewinterde agent Jess LaCroix houdt toezicht op zijn zeer bekwame team. Het fungeert als een mobiele undercover-eenheid die altijd in het veld is en degenen achtervolgt die het meest wanhopig zijn om gerechtigheid te ontlopen.

FBI is een serie over de interne werking van het New Yorkse kantoor van de FBI, waarbij alle vaardigheden, intellect en de meest geavanceerde technologie van het Bureau worden gebruikt om New York en het land veilig te houden. Dit wordt onder anderen gedaan door speciaal agent Maggie Bell, een veteraan van het kantoor in Manhattan, en haar partner Omar Adom "OA" Zidan, die pas in dienst is en uit Queens, New York, komt. Hij werkte voorheen undercover voor de drugsafdeling. Assistent-speciaal agent Jubal Valentine leidt de onderzoeken vanuit het hightech kantoor in Manhattan, samen met analist Kristen Chazal.

Robyn McCall, een raadselachtige Afro-Amerikaanse vrouw met een mysterieuze achtergrond, gebruikt haar uitgebreide vaardigheden om mensen te helpen die nergens anders heen kunnen. McCall komt het meest over als een gemiddelde alleenstaande moeder die stilletjes haar tienerdochter grootbrengt. Maar voor een paar vertrouwde mensen is ze "The Equalizer" - een anonieme beschermengel en verdediger van de onderdrukten, die ook hardnekkig is in haar streven naar persoonlijke verlossing.