Slechterik Shredder ontsnapt uit hechtenis en sluit zich aan bij de gestoorde wetenschapper Baxter Stockman en zijn twee onnozele handlangers, Bebop en Rocksteady. De Turtles proberen het duivelse plan van Shredder en zijn nieuwe crew om de wereld over te nemen tegen te houden, maar dan komt er nog groter kwaad op hun pad: de beruchte Krang.

Een voortvluchtige crimineel houdt zich verborgen in een verlaten schuur die eigendom is van Gail en Ronnie. Zij zijn de ouders van de dove Wesley. Het is hij die de aanwezigheid van de indringer te weten komt waarna de twee vriendschap sluiten. Wanneer de autoriteiten steeds dichter bij de schuilplaats van de crimineel komen, volgt een moeilijke beslissing voor Wesley. Wie blijft hij trouw?