Joe vindt werk op een boot. Op een dag ontdekken ze het dode lichaam van een meisje in het water. Joe blijkt meer te weten over het meisje dan hij kwijt wil. Ondertussen wordt hij ook nog verliefd op Ella, die ook op de boot werkt.

Zo lang als de negen jaar oude Frankie zich kan herinneren is hij al op pad met zijn moeder. Sinds kort wonen ze in een Schots kust plaatsje. Omdat ze haar dove zoon wil beschermen tegen de waarheid vertelt Lizzie hem dat zijn vader op zee op de HMS Acra vaart.

Nowhere Boy vertelt over de eenzame tienerjaren van John Lennon, waarin hij zijn vlucht zoekt in muziek, kunst en zijn vriendschap met Paul McCartney. John Lennon groeit op in Liverpool als een eenzame tiener bij zijn tante. De moeizame jeugd van John begint te veranderen wanneer hij de vrouwen leert kennen, en de kans krijgt in een popgroep, The Beatles, te spelen.