Drie jaar nadat de atoombom op Hiroshima is gevallen, helpen Gen en zijn geadopteerde broer Ryuta, een groep oorlogswezen. Een grote orkaan treft de stad en vaagt het weeshuis weg. Gen helpt de weeskinderen om een nieuw tehuis te bouwen op een verlaten stuk grond. Ondertussen gaat echter de lichamelijke toestand van zijn moeder met rasse schreden achteruit.

De jonge Gen en zijn familie leven in Hiroshima tegen het einde van W.O.II. Aangezien Gen's vader de mening is toegedaan dat de oorlog niet te winnen is, wordt hij verstoten door de rest van de buurtbewoners.

Het is vlak voor het millenium. Er zijn twee groepen: 'de draken van de aarde' en 'de draken van de hemel'. Deze twee groepen bestrijden elkaar om te beslissen over het lot van de wereld. Kamui is een jongen met bijzondere krachten, vandaar dat de twee groepen hem allebei binnen hun gelederen willen hebben. Welke keuze maakt Kamui, het lot van de wereld hangt ervan af.

Een vreemd virus dat bekend staat als het Demon Virus, valt de menselijke genetische code aan en verandert mensen in monsters met demonische krachten. Eén specifiek monster terroriseert de straten van Tokio.En scheurt jonge vrouwen open om hun lever te verslinden. Een beroemd helderziende heeft het geheim van de identiteit en het doel van dit monster ondekt. Nu is het de beurt aan twee moleculair biologen. zelfbenoemde Bio Hunters Komada en Koshigaya, om de helderziende en zijn prachtige dochter te bereiken voordat het te laat is! Het Demon Virus is erop uit om de wereld te veroveren.