Alex Hesse en Larry Arbogast werken aan een nieuw medicijn dat er voor moet zorgen dat de kans op een miskraam bij vrouwen kleiner wordt. Wanneer de financiering voor het onderzoek wordt ingetrokken, en experimenten op mensen hen verboden wordt, besluiten ze het medicijn te testen door Alex zwanger te maken. Hij raakt echter zeer gehecht aan zijn ongeboren baby.

De familie Newton is een doodgewoon gezin. Totdat Beethoven, 80 kilo van liefde, toewijding, moed en kwijl, hun leven en inboedel voorgoed verandert. Ternauwernood ontsnapt aan een stel gemene hondendieven vindt Beethoven bij de Newton's het huis van zijn dromen. Hij slaapt op de bank, speelt in de tuin en kwijlt op bed. Hij doet alles wat zijn baas hem verbiedt en toch wil de familie Newton hem voor geen goud missen.

Ditmaal heeft Beethoven een verrassing in petto. Een avontuur met zes staarten! Tot op heden had Beethoven een heerlijk hondenleven. In Beethoven 1 zagen we dat hij een nieuw thuis had gevonden bij de Newton's, en het hart van de hele familie wist te veroveren, inclusief dat van zijn onwillige baasje.