Miyamoto, alias 'Returner', is voor een missie naar de onderwereld van Yokohama gestuurd. Daar ontmoet hij Millie, een 15 jaar oud meisje dat in de toekomst leeft. Zij vertelt hem dat ze nog maar drie dagen heeft om haar wereld van de ondergang te redden.

Op de beruchte Suzuran high school heerst een klimaat van geweld. Twee jeugdbendes staan lijnrecht tegenover elkaar en bevechten elkaar tot de dood.

Ninagawa is een machtig man in de Japanse politiek en in de zakenwereld. Zijn kleindochter is vermoord. Voornaamste verdachte is Kunihide Kiyomaru, die al eerder werd verdacht in een soortgelijke zaak. De politie kan echter geen bewijs voor zijn schuld vinden. Ninagawa zet daarom een drie-pagina-grote advertentie in de krant met daarin een beloning van 1 miljard yen voor eenieder die Kunihide Kiyomaru weet te vermoorden. Deze wordt bang en geeft zich aan bij de politie van Fukuoka. Vijf politieagenten moeten nu Kunihide Kiyomaru tijdens de reis van 1200 kilometer van Fukuoka naar Tokio escorteren, terwijl half Japan het op diens leven heeft voorzien.

Tegen het jaar 2050 na Christus heeft een mysterieuze organisatie genaamd Galactor de helft van de aarde bezet en dreigt het menselijk ras uit te roeien. Rond dezelfde tijd had de Internationale Wetenschapsorganisatie mysterieuze stenen ontdekt die ongebruikelijke krachten bezitten. Er wordt gezegd dat één op de ongeveer acht miljoen mensen in staat is de kracht van de stenen te benutten; ze staan ​​bekend als een 'receptor'. Dr. Kozaburo Nambu verzamelt een team van deze vijf gelukkige receptoren. Bekend als het 'Gatchaman'-team, is het hun missie om Galactor te verslaan.

Genji Takaya is de zoon van een yakuzabaas, die op de met geweld geplaagde Suzuran High School de macht probeert te krijgen. Samen met zijn bende moet hij het opnemen tegen diverse andere bendes; zoals de Housen Gakuen bende, die geleid wordt door Tatusya Mito.

Het jaar 2020 is het jaar van de waarheid voor de jonge Shiori, afstammeling van de glorierijke adellijke familie Phantomhive en directrice van de Phantom Corporation. Shiori leidt een dubbelleven. Onder de naam Kiyoharu treedt ze in de voetsporen van haar illustere voorvader Ciel. Ze spoort misdadigers op voor het geheime genootschap 'De Waakhonden van de Koningin'.