In 1944, na de zege van Franco, verhuizen de 12-jarige Ofelia en haar zwangere moeder naar een landelijk gebied in Noord-Spanje, waar ze bij Ofelia's strenge en keiharde stiefvader Kapitein Vidal komen wonen.

Nueva España (= Midden-Amerika), eind 16e eeuw. Een leider van de Tameme-indianen wordt door de Spanjaarden gevangen gehouden op verdenking van rebellie. Franciscaner monniken weten dat hij onschuldig is en zij hebben een belangrijke getuige: Elisa, de dochter van een Spaanse edelman.

Tom Avery, een oogarts uit Californië, krijgt op een dag het bericht vanuit Frankrijk dat zijn zoon Daniel bij een storm in de Pyreneeën is overleden. Hoewel de relatie tussen hen nooit echt goed was, besluit Tom toch naar Frankrijk te reizen, waar hij ontdekt dat Daniel was begonnen met de pelgrimsroute naar Santiago de Compostela. Tom besluit zelf de route uit te lopen.

Spanje, 1792. Ten tijde van de hoogtijdagen van de kunstenaar Francisco Goya, raakt deze betrokken bij een zaak waarbij een jonge vrouwelijke dichter door een monnik beschuldigd wordt van heidens gedrag.