In 2009 werden in Amerika duizenden getrouwde lesbische, homoseksuele, biseksuele of transgendere mensen zo'n 200 burgerrechten ontzegd die de getrouwde heteroseksuele stellen wel genoten.

De film vertelt het verhaal van Harvey Milk (Sean Penn). Harvey Milk was het eerste homoseksuele gemeenteraadslid van San Francisco en was één van de allereerste activisten voor gelijke rechten. Milk leert in deze periode onder andere de activisten Cleve Jones (Emile Hirsch) en Scott Smith (James Franco) kennen waarmee hij verschillende mooie, maar ook dramatische momenten beleeft.

Een kijkje achter de schermen van de historische zaak in Californië om het verbod op homohuwelijken aan de kaak te stellen. De rechtszaak haalt alle kranten wanneer het onwaarschijnlijke duo Ted Olson en David Boies tegenover elkaar komt te staan als advocaten.