NCIS gaat over een groep speciale agenten in dienst van NCIS (Naval Criminal Investigative Service) hun doel is onderzoek te doen naar alle misdaden die gelinkt zijn aan de marine. Dit kan lopen van moord op een marinier tot spionage op militair domein, van drugs dealen tot verkrachting. Ze doen het op hun eigen onorthodoxe manier, maar krijgen dit toch gedaan.

De levens van het personeel in de vrouwenkliniek van een fictief ziekenhuis in Philadelphia.

Er gebeuren bizarre dingen in het kleine stadje in New Mexico waar in 1947 UFO's werden gespot. In 1999 redt een schattige middelbare scholier het leven van een tienerserveerster. Omringd door kliekjes slimme, angstige klasgenoten, vormen de twee een band die het voortbestaan bedreigt van een geheim universum met bovenmenselijke krachten, een yen voor hete saus en een buitenaardse genenpool.