Mr. Robot gaat over een jonge programmeur genaamd Elliot. Elliot lijdt aan een slopende antisociale stoornis en besluit dat hij alleen verbinding kan maken met mensen door ze te hacken. Hij gebruikt zijn vaardigheden als een wapen om de mensen om wie hij geeft te beschermen. Elliot vindt zichzelf terug in de splitsing tussen een cybersecurity bedrijf waar hij voor werkt en de onderwereld die hem probeert te werven om het Amerikaanse bedrijfsleven neer te halen. Het is Mr. Robot die Elliot werft bij de ondergrondse hackergroep.

De familie Roy, bestaande uit vader Logan (Brian Cox) en zijn vier kinderen, beheert een van de grootste media- en entertainmentbedrijven ter wereld: Waystar Royco. Als 80-jarige begint vader Logan fouten te maken. De mediamagnaat zal plaats moeten maken voor een opvolger. Maar wie? En ziet hij dat zelf ook zo?

Charles Sobhraj is een man die midden jaren 70 verantwoordelijk zou zijn geweest voor de dood van zo'n 20 jonge Westerse toeristen. Samen met zijn vriendin en handlanger Marie-Andree Leclerc pleegden ze moorden, en andere misdaden, in Thailand, Nepal en India. Toch weet Sobhraj steeds uit handen te blijven van de autoriteiten. Een jonge Nederlandse diplomaat Herman Knippenberg , die werkt bij de Nederlandse ambassade in Bangkok, komt onverwacht in zijn web van leugens en misdaad terecht. Knippenberg zet een reeks van gebeurtenissen in gang die ervoor zorgen dat Sobhraj één van de meest gezochte misdadigers wordt door Interpol…