Raphael, Gardo en Rato zijn drie jongetjes die opgroeien in een sloppenwijk en de kost verdienen met het afstruinen van een grote vuilnisbelt. Tijdens hun zoektocht naar bruikbare spullen vinden ze op een dag een leren tas met daarin een portemonnee, een identiteitskaart, een plattegrond en een sleutel. Het trio besluit om de tas met inhoud te houden en niet aan de politie over te dragen. Door dit besluit komen de drie al snel in de problemen en worden ze achterna gezeten door corrupte figuren binnen de politie en de overheid.

Twee jongens groeien op in een van de meest beruchte buurten ter wereld: de "Cidade de Deus" in Rio de Janeiro. In hun pogingen de armoede te ontvluchten nemen ze beiden een ander pad: de één wordt fotograaf, de ander drugsdealer.

City of God – 10 Years Later onderzoekt wat er gebeurde met de acteurs die deelnamen aan de bekroonde film geregisseerd door Fernando Meirelles en Katia Lund. Deze documentaire laat zien wat het wereldwijde succes van City of God voor hun leven betekende. Waren de acteurs voorbereid op het succes van de film? Is de sociale achtergrond van sommigen van hen sterker gebleken dan de kansen die op hun pad kwamen?

Als een stad getroffen wordt door een mysterieus virus dat alle inwoners blind maakt, besluiten de autoriteiten het gebied af te sluiten. Er is echter een vrouw (Julianne Moore) die nog niet getroffen is door het virus, en aangezien alleen zij nog kan zien, rust er een enorme verantwoordelijkheid op haar schouders.