Lyra Belacqua, een wees, leeft in een parallel universum waarin wetenschap, theologie en magie met elkaar verweven zijn. Lyra's zoektocht naar een gekidnapte vriend onthult een sinister complot van gestolen kinderen en verandert in een zoektocht om een mysterieus fenomeen te begrijpen dat Dust wordt genoemd. Ze wordt vergezeld op haar reis door Will Parry, een jongen die een mes bezit dat vensters tussen werelden kan snijden. Terwijl Lyra de waarheid over haar ouders en haar voorspelde lot ontdekt, raken de twee verwikkeld in een oorlog tegen hemelse machten die zich over vele werelden uitstrekt.

Honderd jaar voor de opkomst van het Keizerrijk hadden de Jedi-orde en de Galactische Republiek eeuwenlang geen oorlog. Tijdens een onderzoek naar een schokkende misdaadgolf komt een Jedi-meester tegenover een gevaarlijke krijger uit zijn verleden te staan.