Nadat ze het leven van de president hebben gered, worden twee agenten van de geheime dienst, Myka Bering en Pete Lattimer, toegewezen aan het uiterst geheime Warehouse 13. Het Warehouse is een enorme, uiterst geheime faciliteit die gevaarlijke en fantastische objecten herbergt. Pete en Myka moeten samen met collega-agenten Claudia, Steve Jinks en Warehouse-verzorger Artie artefacten van over de hele wereld herstellen voordat ze catastrofale gevolgen kunnen hebben.

Door een ziekte die slachtoffers in bloedzuigende vijanden verandert, nemen twee beste vrienden het tegen elkaar op in een gevecht voor de toekomst van de mensheid.