Uitzonderlijke weersomstandigheden treffen New York City, hetgeen een 'sharknado' - een tornado gevuld met haaien - ontketent op de bevolking en de meest iconische locaties van de stad. Fin en April zijn mogelijk de enigen die de stad kunnen redden.

Wanneer Fin en April naar Florida op vakantie gaan, ontstaat er door een extreem sterke wind en veel regen een tornado gevuld met haaien. Als de tornado Florida verwoest en richting Washington D.C. trekt, is het wederom aan Fin en April om de 'sharknado' te stoppen

Er is vijf jaar verstreken. Er hangt geen vuiltje aan de lucht en Fin, zijn familie en de kosmos hebben geen sharknado's meer te verduren gehad. Maar dat staat op het punt te veranderen. Het fenomeen begint zich wederom voor te doen en sharknado's komen op de meest onverwachte plaatsen en manieren tevoorschijn.

Gepest door treiterkoppen, meisjes en de hufterige vriend van zijn moeder, kwijnt Lester langzaam weg. Dan raakt hij bevriend met Judy, de dochter van de sheriff. Maar als hij Judy op een feestje bij een andere jongen ziet zoenen, knapt er iets in hem. Hij zoekt ruzie met de vriend van zijn moeder, maar dat loopt vreselijk uit de hand. Lester wordt op brute wijze vermoord en zijn lichaam bungelt aan een spookachtige boom midden in het korenveld. Een jaar later worden jongeren op mysterieuze wijze vermoord. Judy ontdekt dat Lester's geest bezit heeft genomen van de vogelverschrikker in het korenveld en wraak wil nemen op de stad. Op zijn bloederig pad vermoordt hij zijn vroegere kwelgeesten. Wanhopig probeert Judy het monster uit te schakelen. Maar hoe vernietig je iets dat allang dood is.

Nu grote delen van Noord-Amerika verwoest zijn, bereidt de rest van de wereld zich voor op het onvermijdelijke: een wereldwijde Sharknado. Van Londen tot Azië en Zuid-Afrika tot Mexico. Fin en zijn gezin moeten de wereld rondreizen om de Sharknado's voor altijd zien te stoppen.

Fin en zijn team hebben inmiddels overal ter wereld tegen de gevaarlijke sharknado's gevochten. Ditmaal zal hij terug terug in de tijd moeten reizen om een laatste gevecht met een sharknado aan te gaan. Op deze manier kan hij erin slagen de wereld voor eens en altijd te redden. Tijdens hun queeste krijgen Fin en zijn team te maken met onder andere dinosaurussen en cowboys.