Na het bloedbad in Ukishima verliest Saya haar geheugen en dwaalt door de sloppenwijken totdat ze Haru ontmoet, een arts zonder vergunning, en Ran, het meisje dat op de Elder Bairns jaagt. Terwijl haar geheugen terugkeert, ontdekt ze dat ze in het verleden relaties met hen heeft gehad en geheime beloften heeft gedaan door de Nanahara-clan en haar aartsvijand, Fumito. Terwijl Sayo de ontvoerde Haru probeert te redden, komt ze Fumito opnieuw tegen. Dit is een onverteld verhaal in de periode tussen de tv-anime van 12 afleveringen uit 2011, gemaakt door Production I.G en Nanase Ohkawa (CLAMP), en het vervolg op de speelfilm Blood-C: The Last Dark in 2012.

In het vooroorlogse Japan, onder het militaire regime, begint een bloedige strijd tussen de extreem onderdrukkende Speciale Politie en dorpelingen!

Het verhaal gaat verder van de Japanse SIGNAL-drama serie. In 2021 veroorzaakt een limousine chauffeur een ongeval op een snelweg, waarbij een hoge overheidsfunctionaris om het leven komt. De cold case-onderzoekseenheid, waaronder Kento Saegusa en teamleider Misaki Sakurai, heeft twijfels over de zaak. Ondertussen komen in 2009 achtereenvolgens administratieve ambtenaren om het leven bij auto-ongelukken. De politie kondigt deze sterfgevallen aan als ongelukken. Takeshi Ōyama gelooft dat deze sterfgevallen niet het gevolg waren van simpele ongelukken. Om 23:23 uur gaat een walkietalkie aan en maakt een verbinding tussen de toekomst en het verleden. Kento Saegusa en Takeshi Ōyama worden geconfronteerd met de dreiging van bioterrorisme.