Na Godzillas gevecht met de Oxygen Destroyer wordt het monster Destoroyah op de aarde losgelaten. Godzilla staat op de rand van een nucleaire inzinking en zal zijn laatste krachten nodig hebben om ook Destoroyah te kunnen verslaan.

De Futurianen, tijdreizigers uit de 23e eeuw, arriveren in Japan om hen te waarschuwen voor de vernietiging van de natie onder Godzilla. Ze bieden aan om Godzilla uit de geschiedenis te wissen door zijn creatie te voorkomen. Nu Godzilla schijnbaar verdwenen is, duikt er een nieuw monster op als de ware bedoelingen van de Futurians worden onthuld.

Dertig jaar na zijn eerste aanval keert Godzilla terug om Tokio voor de zoveelste keer in zak en as te leggen. Deze keer heeft de mensheid echter een gepast wapen tegen het monster: de hyper-geavanceerde straaljager Super X.

Na de vorige Godzilla-aanval ontstaat er een mini-wapenwedloop om zijn cellen te verzamelen. Bezorgd over de mogelijke terugkeer van Godzilla, gebruikt de Japanse regering de cellen om een nieuw biowapen te maken, ANEB (Anti-Nuclear Energy Bacteria). Ze roepen de hulp in van geneticus Genshiro Shiragami, wiens experimenten resulteren in een nieuwe mutatie.

Een blinde masseur ontvoert jonge vrouwen, vermoordt ze en maakt vervolgens sculpturen van ze, terwijl een mysterieuze dwerg afgehakte lichaamsdelen rond spreidt. Rechercheur Akechi Kogorô onderzoekt misdaden.

Aliens proberen de wereld te veroveren en zetten daarbij de gevaarlijke monsters Godzilla en King Ghidrah in. De aliens besturen de monsters vanuit hun hoofdkwartier, een replica van Godzilla dat ergens in een pretpark staat.

Uitvinder Goro Ibuki creëert een mensachtige robot genaamd Jet Jaguar. Het wordt al snel in beslag genomen door een onderzees ras van mensen genaamd de Seatopians. Met Jet Jaguar als gids sturen de Seatopians Megalon als wraak voor de kernproeven die hun samenleving hebben verwoest.

Een blik op het onbekende werk van de getalenteerde kunstenaars en ambachtslieden die de traditie van Japanse special effects in stand hebben gehouden. Uitgelicht is Yasuyuki Inoue, samen met verschillende bemanningsleden die minutieus gedetailleerde miniaturen maakten en lijf en leden riskeerden als kostuumacteurs. Alles gedaan om enkele van de meest iconische monsters uit de film tot leven te brengen via een aparte Japanse kunstvorm.