Kyoto, 1865, het einde van het Edo-tijdperk. De jonge samoerai Kano Sozaburo wordt aangenomen als lid van de Shinsengumi, een boeddhistische zwaardvechterclan die de strikte waarden van het feodale Japan wil handhaven. De betoverend mooie, Kano blijkt een uitmuntend zwaardvechter, die de hoofden van de in een geïsoleerde mannengemeenschap levende samoerai op hol brengt.

Ga mee met Latios en Latias naar een magische waterstad met kanalen, rivieren en doolhoven waar ook al je andere Pokémon helden te zien zijn. Ash, Pikachu en de rest zijn er al, omdat zij te maken hebben met een stel sluwe, gemene dieven. Deze slechteriken willen een schitterend, maar gevaarlijk juweel stelen dat de hele stad kan verwoesten. De bewakers van het juweel, Latios en Latias, kunnen de hulp van de Pokémon Helden heel goed gebruiken! Zij moeten de slechte dieven voor zijn, maar daarvoor moeten ze onmogelijke hindernissen doorstaan... en de klok tikt door!