Het verhaal speelt zich af in 2018, 25 jaar na de 'Video Girl Ai'-arc van de originele manga ('Video Girl Len'-arc speelde zich zeven jaar na de eerste arc af). Sho Moteuchi (Shuhei Nomura) is een middelbare scholier. Nadat zijn ouders zijn gescheiden, gaat hij bij zijn oom wonen. Op school ontwikkelt hij gevoelens voor zijn klasgenoot Nanami, maar Nanami houdt van zijn vriend Tomoaki. Op een dag vindt hij bij het huis van zijn oom een ​​oude kapotte videocassetterecorder. Sho repareert de videocassetterecorder en plotseling wordt er een video van een meisje afgespeeld. Het meisje in de video stelt zichzelf voor als Video Girl Ai. Het meisje verlaat dan de video en woont de komende drie maanden bij Sho.

Zijn lievelingseten? Ramen. Zijn bekendste move? Het geestgeweer. Een weerbarstige tiener moet zijn nieuwe krachten leren gebruiken om zijn dierbaren te beschermen.

Izumi Sakuragi is een nieuwe politie-sergeant bij het Special Investigations Office, dat in november vorig jaar werd opgericht binnen de Metropolitan Police. Het nieuwe onderzoeksteam maakt gebruik van DNA-analyse en de nieuwste forensische wetenschap om cold cases te onderzoeken, evenals zaken van vermiste personen.