Goemons huwelijk met Murasaki Suminawa, dochter van de leider van een samurai-clan, wordt onderbroken wanneer de Fuma-ninja's aanvallen, de aanstaande bruid ontvoeren en de eeuwenoude schat van haar familie als losgeld eisen. Lupos, Jigen, Goemon en Fujiko werken opnieuw samen om Murasaki te redden en de schat te bereiken voordat de Fuma hem kan stelen.

Pen-Pen, de hoed-en-das-dragende prins van Penguin Land, staat onverwachts op de stoep van kleine Mika. en nodigt zichzelf en zijn maffe vrienden uit om te blijven.

Men is druk bezig met de voorbereidingen voor de grote opening van twee wolkenkrabbers in Tokio, als plotseling enkele mensen worden vermoord. Allen hebben ze iets te maken met de nieuwe torens. Conan vermoedt dat het mysterieuze Syndicaat achter de moordpartijen zit.

Athena's broer, de zonnegod Apollo, komt terug naar Aarde om Athena terug te brengen naar de hemel en het rijk van haar over te nemen. Hij brengt de overleden gouden beschermheiligen en een aantal goden tot leven om te dienen als lijfwachten. Maar Athena gehoorzaamt niet en Apollo heeft weinig keuze dan haar naar de hel te sturen. Seiya en zijn vrienden zijn evenwel onderweg om Athena te redden.

Verfilming van de gelijknamige manga waarin de Saints, een groep van vijf mystieke krijgers bestaande uit Pegasus Seiya, Dragon Shiry?, Cygnus Hy?ga, Andromeda Shun en Phoenix Ikki, de godin Athena beschermen. Eris is de godin van de chaos en gebruikt het lichaam van Elien, die een vriend is van Hyoga, om weer op krachten te komen. Ze komt in het bezit van de gouden appel die ze gebruikt om al het leven uit Athena te halen om zo haar opstanding compleet te maken. Hierdoor is ze weer in staat om chaos over de wereld te storten. Om Eris te verslaan moeten Seiya en zijn vrienden eerst de Ghost Knights verslaan.

In Noord-Europa regeert de reïncarnatie van Odin, Dolbar genaamd, met sterke hand. Op een dag redt Hyoga een man in Siberië die hem waarschuwt voor problemen in Asgard, Athena gaat op onderzoek uit en stuurt Hyoga alvast naar Asgard, maar als Athena daar later arriveert is Hyoga nergens te bekennen. Wanneer Dolbar Athena gevangen neemt om controle te nemen over het rijk proberen Seiya en zijn vrienden haar te helpen maar ze worden aangevallen door de God Warriors.

Lucifer is wakker gemaakt uit zijn eeuwige slaap door de geesten van Eris, Abel en Poseidon. Hij is van plan om Athena te vermoorden om zo zijn ultieme droom waar te maken, om de sterkste van alle goden te worden. De Saints moeten haar dus redden door Lucifers gevallen engelen te verslaan.

De Dezalg zijn terug met een nieuw wapen en staan ​​op het punt dit te testen op de verdediging van Megazone 23. In de overtuiging dat de oplossing hiervoor ook nieuwe wapens zouden zijn, besloot B.D. opnieuw op het laatste verdedigingsniveau van EVE. Omdat volledige controle over Megazone 23 een ongehinderde wapen ontwikkeling zou betekenen. Shogo, die nu is teruggekeerd naar zijn normale leven, wordt opnieuw door EVE opgeroepen om te helpen. Het naderende eindgevecht tussen alle betrokken partijen leidt tot de ontdekking van Eve's laatste geheim, A.D.A.M., wat voor iedereen catastrofale gevolgen kan hebben.

Na de overwinning van de Saints op Hades raakt Seiya gewond. Hij is verlamd en belandt in een rolstoel zonder enige kans op herstel. Athena's zus, Artemis, de maagdelijke god van de maan en haar tweelingzus Apollo komen met een voorstel: ze kunnen Seiya's gezondheid herstellen maar in ruil daarvoor willen ze de macht over het rijk. Athena accepteert dit voorstel en al snel nemen Artemis en haar "Knights of the Sky" het rijk over. Seiya en zijn vrienden moeten nu vechten tegen Zeus om hun thuisland terug te krijgen. Helaas is dat moeilijker dan gedacht omdat zijn oude bondgenoten Hydra Ichi, Unicorn Jabu en Ophiuchus Shaina zich hebben aangesloten bij Artemis en Apollo.