Lupin en Jigen hebben hun zinnen gezet op een schat genaamd de Kleine Komeet, die zich in het zwaar versterkte land van Oost-Doroa bevindt. Tijdens de overval wordt Jigen bijna gedood door een sluipschutter genaamd Yael Okuzaki. Zijn specialiteit is het voorbereiden van grafstenen voor zijn doelwitten voordat ze worden geëxecuteerd. Er wordt gezegd dat niemand kan overleven nadat Yael hun grafsteen heeft gemaakt.

Het turbulente tijdperk dat bekend staat als de Universele Eeuw is voorbij. Nu kijkt de mensheid uit naar welvaart en vrede in het nieuwe tijdperk dat bekend staat als de Regild Century (R.C.). Een van de belangrijkste hulpbronnen in dit tijdperk is de Capital Tower - een ruimtelift die boven het land uittorent en de aarde met de ruimte verbindt. Het doel ervan is het transporteren van de fotonenbatterijen waarvan de aarde afhankelijk is voor haar energie. Het wordt aanbeden als een heilige plaats. De jonge Capital Guard-cadet Bellri Zenam, die de toren moet beschermen, wordt op een dag tijdens een oefenmissie aangevallen door een krachtig G-Self Mobile Suit. Ondanks dat hij de G-Self nog nooit eerder is tegengekomen, voelt hij een vreemde band ermee en zijn piloot, een ruimtepiraat genaamd Aida Surugan. Bellri weet niet dat hij op het punt staat waarheden te ontdekken die de hele Regild Century zullen doen schudden. Gaan! Core Fighter is de eerste van vijf films.

Er is een arrestatiebevel uitgevaardigd, maar deze keer is dat niet tegen Lupin. De autoriteiten zitten achter inspecteur Zenigata aan, omdat ze vermoeden dat Pops al die tijd onder één hoedje heeft gespeeld met de meesterdief. In een poging om Zenigata's onschuld te garanderen, wordt Lupin uitgedaagd om het merkwaardige Tijdkristal te stelen. Terwijl Lupin en zijn bende achter de beroemde diamant aan gaan, wordt hij geconfronteerd met het onverwachte verraad van zijn meest vertrouwde partner.