Een vredige schipper die ooit bekendstond als de zwarte samoerai, neemt een meisje met mysterieuze krachten onder zijn hoede en raakt opnieuw verzeild in een conflict.

De wereldwijde milieuthriller speelt zich af in het heden, waar anomalieën en onnatuurlijk gedrag bij zeedieren over de hele wereld voor opschudding zorgen. The Swarm volgt een wereldwijde groep wetenschappers die samenkomen om een ​​van de grootste uitdagingen waarmee de mensheid ooit is geconfronteerd aan te pakken. Ze doen de huiveringwekkende ontdekking dat diep op de bodem van de zee een collectieve intelligentie woont die de verwoestingen van de beschaving op zijn leefgebied heeft geleden - en besloot terug te vechten.

Nadat ze de aanval van Godzilla in San Francisco heeft overleefd, wordt Cate opnieuw overdonderd door een groot geheim. Te midden van monsterlijke gevaren reist ze de wereld rond om de waarheid over haar familie te achterhalen – en de mysterieuze organisatie Monarch.

Izumi Sakuragi is een nieuwe politie-sergeant bij het Special Investigations Office, dat in november vorig jaar werd opgericht binnen de Metropolitan Police. Het nieuwe onderzoeksteam maakt gebruik van DNA-analyse en de nieuwste forensische wetenschap om cold cases te onderzoeken, evenals zaken van vermiste personen.

Satoshi Itomura is een assistent-politie-onderzoeker die deel uitmaakt van het Wetenschappelijk Onderzoeksteam van de Metropolitan Police Department. Heropvoeringen, verzameling van vingerafdrukken en spraakgegevens, profilering... Zijn team verzamelt wetenschappelijk bewijs en voegt fragmenten van informatie samen om bewijsmateriaal te helpen opbouwen. Itomura trekt zich echter vaak niets aan van de wetenschappelijke aanpak en besteedt veel aandacht aan de spullen die de slachtoffers altijd bij zich droegen of koesterden. En hij concentreert zich op deze dingen omdat ze meestal de laatste wensen van het slachtoffer bevatten, waarbij hij begrijpt dat de laatste boodschap niet alleen helpt bij het oplossen van de zaken, maar ook een einde maakt aan het verdriet van de familie van de slachtoffers.

In het Japan van het jaar 1600 vecht Lord Yoshii Toranaga voor zijn leven wanneer zijn vijanden in de Raad van Regenten zich tegen hem keren, totdat een mysterieus Europees schip strandt nabij een vissersdorpje.

Kenzo Mori is een politierechercheur uit Tokio die naar Londen reist om zijn lang verloren broer Yuto te zoeken. Yuto werkt voor de Yakuza en wordt gezocht voor de moord op een Japanse zakenman, een misdaad die een bendeoorlog tot gevolg zou kunnen hebben. Met de hulp van een Japans-Britse sjacheraar die Kenzo door Londen loodst begint het mysterie zich langzaam te ontrafelen. De eer van zijn familie en de fragiele vrede tussen de strijdende bendes in Tokio staan op het spel.