Ash gaat verder met zijn opdracht om 's werelds grootste Pokémon trainer te worden, samen met zijn beste vriend Pikachu. Tijdens hun reis vinden ze het ei van Manaphy, en zijn beschermer, Pokémon Ranger Jack "Jackie" Walker. Jackie's missie is om het ei te beschermen voor de Phantom Pirate. Ash en zijn vrienden helpen hem daarbij, en proberen het ei terug te brengen naar de Sea Temple.

Het is nu zeven jaar nadat Simon de Spiral King heeft verslagen. De mensen leven weer bovengronds en leven gelukkig en in vrede. Helaas dreigt er weer gevaar en samen met zijn oude kameraden moet Simon de ruimte in reizen om het universum te beschermen.

De mensheid leeft al enkele honderden jaren ondergronds. In één van de ondergrondse steden wonen twee jonge mannen: Simon, die verlegen en naïef is, en Kamina, die gelooft dat er leven bestaat in de wereld boven hen. Op een dag stort de grot waarin ze leven in, en een gigantische 'Gunmen' en de mooie Yoko verschijnen. Simon vindt in het puin de mecha 'Lagann', samen met Kamina en Yoko besluit hij de mecha te besturen om bovengronds te gaan. De bovengrondse wereld is echter niet het droomland wat Kamira voor ogen had; deze wereld wordt beheerst door de Spiral King en zijn leger. Kamira en Simon, samen met hun nieuwe kameraden, besluiten het op te nemen tegen de Spiral King voor een betere toekomst bovengronds.