Twee jaar na de gebeurtenissen in de game Final Fantasy VII, wordt ex-militair Cloud Strife geconfronteerd met een nieuw gevaar, genaamd het Star-Scar Syndrome. Ook Sephiroth lijkt opnieuw zijn opwachting te maken.

Japan wordt aangevallen door Godzilla, die na zijn mislukte aanval van vijftig jaar geleden op wraak zint. Godzilla is bestand tegen praktisch alle conventionele wapens, en uiteindelijk lijkt Godzilla alleen te verslaan door drie heilige monsters, die tot leven worden gewekt door de aanbidding van de zielen van in de tweede wereldoorlog omgekomen Japanse soldaten.

In 1923, in een goedkoop pension in Tokio, verveelde een lome jongeman genaamd Goda zich. Op een dag, terwijl hij zich verkleedt met een vrouwenpruik en lippenstift, maakt hij per ongeluk een plafondplank in zijn kast los. Terwijl hij omhoog klimt, ontdekt hij een slecht verlichte doorgang onder het dak die naar de andere kamers van de bewoner leidt. Al snel rent hij rond als een ninja, maakt knoesten en verplaatst plafondplanken voor een beter zicht. Wat hij ziet zijn de intieme handelingen – sadistisch, crimineel of vaag krankzinnig – die oneindig veel meer over zijn medebewoners onthullen dan de verschillende fronten die zij aan de wereld presenteren.