De stad Yūbari in de prefectuur Hokkaido is een spookstad geworden na de aanwezigheid van Shadow Moon en zijn volgelingen van Gorgom. Makino, een wetenschapper die aan Gorgoms uiterst geheime robotexperiment werkt, ontsnapt uit de kwaadaardige organisatie en keert terug naar Tokio, maar ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn ontvoerd. Als Kamen Rider Black reist Kotaro naar Yubari om Makino's familie te redden en de stad te bevrijden uit de kwade greep van Shadow Moon.

Oorspronkelijk simpelweg bekend als Kamen Rider Black tijdens de theatrale release. Kinderen in heel Tokio verdwijnen op mysterieuze wijze zonder waarschuwing. Kotaro vermoedt dat de Gorgom achter de ontvoeringen zitten en volgt een verdacht uitziende tourbus met kinderen erop, maar verliest zijn spoor van een klif. Met de hulp van een visser reist Kotaro naar een afgelegen eiland en gebruikt hij zijn vaardigheden als Kamen Rider Black om de kinderen te redden en Gorgoms nieuwste kwaadaardige plan te dwarsbomen.