Gon Freecss ontdekt dat de vader waarvan hem altijd was verteld dat hij dood was, eigenlijk de hele tijd leefde. Ging is een beroemde jager: een persoon die heeft bewezen een elitelid van de mensheid te zijn. Gon is vastbesloten om in de voetsporen van zijn vader te treden en te slagen voor het strenge Hunter-examen.

Tijdens een zomerkamp worden zeven kinderen getransporteerd naar een vreemde digitale wereld. In deze nieuwe wereld sluiten ze vriendschap met wezens die zichzelf Digimon noemen en die zijn geboren om hun wereld te verdedigen tegen verschillende kwade krachten.