In de toekomst, waarin technologische verbeteringen en robotica een manier van leven zijn, zorgen majoor Motoko Kusanagi en Sectie 9 voor de banen die te moeilijk zijn voor de politie. Sectie 9 heeft hackers, scherpschutters, rechercheurs en cyborgs in dienst, allemaal in een poging cybercriminelen en hun plannen om onschuldigen aan te vallen te dwarsbomen.