Net als de originele serie draait 'SPEC' om een ​​paar rechercheurs bij de politie als onderdeel van een speciale divisie die moeilijke zaken oplost . Touma Saya is een vrouw met een IQ van 201 en een onvermogen om 'de sfeer te lezen' in sociale situaties. Vanwege een eerder geval zit haar linkerarm in een mitella. Haar partner Sebumi Takeru was de sterartiest van de Metropolitan Police. Na een incident werd hij echter overgebracht naar Mishou. Deze twee sporen daders op met speciale vaardigheden (SPEC) die erin slaagden weg te komen met hun misdaden.

Het gaat over een nieuwe lerares, Yamaguchi Kumiko, die als eerste baan de zwaarste baan op de middelbare school krijgt toegewezen. Maar haar bijzondere verleden zal haar helpen problemen op haar eigen manier op te lossen.